Já vivendo em uma sociedade em conflito por sua existência, os mutantes agora enfrentam uma discriminação ainda maior depois que um desconhecido lança um ataque devastador contra a Casa Branca. Essa pessoa é justamente um mutante com poderes especiais. A notícia do ataque ao presidente acaba por causar uma grande revolta em toda imprensa e público. William Stryker, um renomado cientista que já teve experiências com os mutantes, é designado para ter a missão de controlar a situação. Stryker, então, põe em prática seu plano para exterminar os mutantes, a começar por uma grande ofensiva à escola que os abriga.